そもそも削除なりダイジェスト化なりを明確に求めてたのはアルファポリスだけなので
アルファポリスから出版するなら削除しないとダメ、他の出版社からなら現状そのまま残してOK
基本的には出版契約時の読めてた物が読めなくなる事による悪印象やWeb連載を続ける事で維持出来る読者数と
と削除する事で上積み出来る購買数との天秤がどっちに傾くかって言う出版社の判断次第かと