まあこんな感じでしょ。
1,イリアスが反省会を繰り返して時空が不安定になる
2,正史世界（くえ世界）でイリアスが討たれる3,イリアスが討たれたことで、不安定になった時空が一気に乱れ、最初の平行世界が誕生する
4,その最初の平行世界で、本来は阻止されていたレミナでの実験が滞りなく行われた結果、神アリ誕生
5,過去、今、未来に影響が波及し、更に無数の平行世界が生成される
尚、くえ世界については情報がないため、詳細は不明
こんなもんでいいんでない？
というか未来にも影響を与えたってことは、ネロネリスも厳密な意味での正史から来たわけじゃなくて、正史通りに進んだあとに分岐した平行世界から来たとも受け取れるよね。