大雑把に流れを見ると
老アリスにプリ主観なニャルが這い寄り童話アリス化→お茶会→羽虫によるグニキ奪還&アリス隔離で1開始
Dエンドにて後のニャリスが介入、アリスよりプリを、羽虫より管理権限を剥ぎ取って2に移行……って流れ
Dエンド時に箱庭が緩んだんでニャルが介入して、プリスに成り代わったというか「私もニャルでアリスだから一緒」ってノリというか