個人的にはエロゲというかノベルゲーで商業と同人の間にあなたが思うほどの差は無いと思うよ
たとえばNEKO WORKSなんて同人だけど並みの商業エロゲ屋より元気で有名だろう
同人が評判良くて商業化というケースも多数あるし同人が格下なんて事はないと思う
予算規模は差が出るだろうけどシナリオゲーだとキャラ萌えゲー(グラフィックや声や歌に金がかかる)と比べて影響は減じるしな

適切にリソースを配分できれば同人でも商業と大差ないシナリオ規模を持つノベルゲーの開発は可能だと思う
実際にテキストがMBクラスと商業と大差ない規模の同人ノベルゲーもあるしね