自分はVRmodでIPA適用してたので気づかなかったですが
再度バニラからIPA3.3適用してSystem.Xml.dllだけVRmodからManegedフォルダにコピーしたところ同じエラーになりました
とりあえずVRmod（VRGIN.Template-1.1）のIPA\Data\Managedの中のSystem.Xml.dll以外のファイルも全て
Manegedフォルダにコピーする事でこちらでは解決しました
正確にはSystem.Configuration.dllとSystem.dllとSystem.Xml.dllの3ファイルで良さそうですが面倒くさいので全部いれちゃって良いと思います
設定ファイルはINIファイル形式に戻そかな・・・