自分で作ったアイテムのmodがという事なら
3ｄ作成ソフトないで中心点ずらせばいいんでないかな
例えばメタセコならマス目で表示された床部分がY軸0になってて
大き目のアイテムを床に合わせるとそんな感じになるから
全体を下に下げて中心にしたい部分をY軸０になるように調整すればいいと思う