由綺ルートでも由綺は引退してないだろ。
そもそもゲーム時点ではどのエンド行っても由綺は引退してない。
ただ、画面の向こうで輝いてる由綺に対する冬弥の信頼がどう動くかって話だし（由綺と冬弥だけに限れば）
理奈ルートでの理奈もちょっと長い休暇って感じで、休暇に飽きたら復帰しても良いかなみたいな感じだし。
ただ、リーフの他ゲーで理奈ばかり名前が出てくる物だから由綺引退したんじゃねみたいに思うのもわかる。