何度も本当にすみません、大本のファイルというのはどういったものなのでしょうか？
・やってみたこと
Skyrim\Data\scripts\Source の中を消して Scripts.rar からSourceを入れなおした→結果：×
Skyrim\Data\scripts\Source の中からSKSEと重複しているファイルのみ消して実行→結果：×
Skyrim\Data\scripts\Source の中にSKSEの各種Sourceファイルを上書きし実行→結果：×
※いずれもエラーメッセージは同じ