んー、どういう構成を想定しているのかわからないけど、Ju-Cが検出してるのは結局
・カーソル操作用のアナログスティック（２軸アナログ）
・ボタン６個（挿入３個＋射精＋クリック代わり２個）
しかなくて、Ju-Cはこれらを アナログスティック＋６ボタン のジョイスティック扱いで繋いでるだけなのよね。
あくまでJu-Cを改造する前提で考えるけど、
PCソフトで加速度を処理させたいなら、まず何らかの方法で加速度をPCへ取り込み（Ju-Cにセンサつけて有線で接続？）
３段階スイッチのON−ＯＦＦを作り出し、それを何らかの方法でJu-CAir本体へ送る（しかもまた有線？）
という事になっちゃうんじゃない？