別人だけど、ちょっとだけ試してみた
cutmovieで切り出してunitemovieで結合＝＞エラー
unitemovie.exeを最新版gpacのフォルダ（インストールじゃなくて解凍したもの）にコピー＝＞結合できる
unitemovieのフォルダのmp4box.exeを最新版gpacのものと入れ替え＝＞エラー
gpacフォルダのmp4box.exeをリネームして働かなくしておいて
gpacフォルダを環境変数PATHに登録、unitemovie.exeはunitemovieフォルダから起動＝＞結合できる
mp4box.exeが現在、動作するためにはgpacに同梱されてる他のファイルが必要ちゅーことみたい
オイラはWMP以外のプレーヤーはポータブル版を使ってるが
mp4box.exeが必要とするファイルは他のプレーヤーにも入ってて、
普通にインストールしたらパスが通されるということではないかと推測