古いSDインタレAVをソースにしてるらしいから
JavPlayerがデインタレ処理出来ないまたはデインタレ処理が汚くてモザイク処理時に悪影響があるから
前処理としてデインタレ処理してやってるんじゃないの?

JavPlayerがインタレ保持したうえで綺麗にモザイク処理してくれるんなら60p化は意味ないだろうけど
たぶんJavPlayerは60iのソースでも30pにしちゃうんじゃないのかな?
だったら60p化は十分やる意味があると思うけど

あとはやる人がそれぞれ動画に何を求めてるかによるよね