ご報告を。
並列4で行いましたが結局エンコードフェーズで止まるのは変わりませんでした。
パソコンの電源を落としOSを再起動。エンコードをやり直しましたが結果は変わらなかったです。
うちの環境では「2pass / TG8Xft2 / *SPAN4Xhd」を使う場合は高レート動画は無理と思うようにします。