正しい処置かは知らないけど、時間のロスが少ないので助かっている。
(1) 止まったら、Ctrl + マウス両クリックで、ログ表示させてFileNotFoundExceptionを起こしているoutputフォルダの番号をメモ
(2) ログの上のほうで、(1)のフォルダの超解像処理をしている行を探し、lastCommand の内容をクリップボードにコピー
(3) コマンドプロンプト開いて、(2)のlastCommandの内容を実行すると、そのフォルダだけの超解像処理が走る。エラー発生時と同じ処理なのではないかと思うけど、なぜか正常に処理が行われる模様。
(4) 超解像が終わったら、問題のファイルを再度開いて、エンコードから再開できる