・Blender https://www.blender.org/
モデリングから線画出力(FreeStyle等)までこなせる無料の超多機能ソフト
操作性に多少癖があります
解説サイトや書籍も多数あり
3D非対応のペイントソフトを使用してるならこれがいいかな
・メタセコイア http://www.metaseq.net/
ポリゴンモデリングと言ったらこれって感じの国産定番ソフト
解説サイトや書籍も多数あり
ライセンスを購入しないと独自形式でしか出力できないが、Blenderに読み込むアドオンがあるので併用することで対策可能