自分は作品ごとにフォルダ分けはしてないけどファイル名被ると後々面倒だと思うよ
（フォルダの分け方を変えたくなった時とか）

だからファイル名は「年月日＋何枚目かを表す記号＋進捗状況」って形式で命名してる
今日の一枚目に描いたラフなら「230315aラフ」って感じ