了解です。中学生だとバイクに乗れない気がしますがそこはフィクションと言うことで……
一応こちらはシリアスな方向性で考えているので、それであればこちらに改造された……というのが良さそうですね。
科学者だった両親は悪の組織からの協力を拒んだために惨殺され、そちらは改造実験用の素体としてとして浚われ実験的にいろいろな改造を施された上で破棄されて、
そのまま死んでしまうかに思われたが奇跡的に生き残って、悪の組織の野望をつぶして両親の敵を討つために「仮面ライダー」として改造された体を武器に戦う決意を
……なんて感じではどうでしょう？