ノクターンノベルズは男性読者向けの官能小説。
たとえば、異世界なろう系小説であれば、男主人公が女をレイプしたり、ハーレムを作ってセックスしまくるような作品。
主人公の目的はセックス。エロがメイン。

ミッドナイトノベルズの作品は一般の作品に18禁要素が含まれているもの。
たとえば、異世界なろう系小説であれば、敵が村を襲って村娘が凌辱されるシーン、あるいは男主人公がヒロインと宿屋でセックスするシーンなどが含まれるような作品。
主人公の目的は世界を救うこと。エロはサブ。

という違いっすかね。