俺が差分絵を作る時は
1.まず基本絵ファイルをコピーした差分絵ファイルを用意 (当たり前)
2.その差分絵ファイルをレイヤーに変換、そのレイヤーを複製して二枚にする
3.下のレイヤーは元絵のイメージ確認の為にそのまま残し、
  上のレイヤーの例えば腕だけを消す
4.その上にもう一枚レイヤーを作成、そこに描き変える腕の線画を全く違う色、例えば赤で描く
5.良い感じに描けたと思ったら、一番下の元絵レイヤーを非表示にして上二枚を結合、仕上げに

大事なのは普通の絵を描く時と全く同じだが
"結合"の作業をする時はそれぞれ元のレイヤーは必ず残しておき、あくまでそのコピーレイヤーで試すという事
うまく結合出来たと自分で思ったら元レイヤーを消すかどうかは好きにしたらいい
レイヤー結合する時の基本中の基本だが、実は差分を描く時には一番うっかりしやすい最重要ポイントだ

こんな話じゃ無かったかな、だったら駄文でスマンw