艦これ運営なんかは分かりやすく宣言してるけど
同人誌みたいなファンアートと違って基本的に「ゲーム化」って二次創作として認められてないんだよ
原作がゲーム会社だったら単純に競合相手になるし
版権の複雑な製作委員会方式アニメとかでも訴訟との綱渡り
同人誌と違って(素材・ツクール含め)製作人数が多く、報酬体系が商業然としやすくなるのもその理由

商業エロゲ会社とかはゲーム製作も同人として許諾してる場合多いけど、肝心のエロゲの知名度が…