セーブデータ流用不可タイプのパッチで
古いセーブファイルが削除されたり既読フラグ等がリセットされること自体は特段おかしくもないような。
パッチ適用後、使えないゴミファイルと化した旧セーブデータを残しておくというのもお行儀の悪い話だし。

・パッチ適用時にセーブデータのフォルダ内にある全ファイルを問答無用で削除・置き換え（無関係のファイルも含む）
・インスコ時にセーブデータの保存先を選択可能な仕様
・保存先にC:を指定していたらエラいことになったよ
これぐらいのコンボが決まるなら話は別だけど