アップコンバート＝44.1から88.2kHzなどにアップサンプリングという仮定で話すならサンプリング精度が違う事かな？
DAC側はリアルタイムでやらなければいけないので
PC側にクロック入力が受けられるインターフェイスをつければ、OCXなどで更によい精度の高いサンプリングクロックが送れるし
44.1をPC側で88.2にしてDACに送り込むのか、DAC側で88.2にして鳴らすのかで出音が違ってくるはず
アップコンバートを「ビット拡張」まで踏み込んだら、PC側で16→24bitにやるメリットが出てくる
まあDACでもエソの製品とかはDSDモードとかやったりするけど
指摘が間違ってるなら補完してくれ