女性キャラが普通に学生として過ごしたり、普通に教師として働いたりするのとは別の、何かの目的を持って
学園に潜入し、その目的を公には隠しているという状況があり、その学園にて何かの悪事や陰謀が存在するという状況がある作品をを教えてください

「何かの悪事や陰謀」に、人間、もしくは人間の見た目をした存在が関わっている事を必須条件にさせて下さい。
つまり「人間の見た目をした体を持たない物の怪が学園に潜んでいて、それを討伐する目的で学園の潜入する」という様な作品は対象外という事です