「百姓は違ってた」を主張したいならソースは必要だよね、
という話はあるんじゃないの？
まともな証拠はない、というのが正解なんだろうけど
だったら基本的には近親結婚を回避するようななんらかの習慣があった
と想像するのが自然だろう（それをタブー意識と呼ぶかはともかく）

もちろん特定の村落で何かのはずみで兄妹婚が習慣化してしまう、とかいうことはあってもおかしくないけど
大勢がどうだったかはまた別だよね