Additional Bone Modifier v0.6.2
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原因ですが、バグとして、もともとカスタム画面で編集してもスケールが変わらない種類のボーン (cf_J_FaceUp_t_y とか) についてのサイズの再取得を行ってしまっていたのが問題でした。
体側についても同じような問題があったのですがごく一部のボーン (cf_J_Mune02_t_L とか) だったのであまり気にしていなかったのですが、顔の場合は多くがスケールに関係しないボーンだったので表面化してました。
いくつか別で要望をいただいてはいたのですが、そろそろボーンの移動と回転についても手を付けてみようと思います。
表情回りだとボーンを細かく移動したいケースが多そうなので。