基本的には一度でもスキン適用すれば次回以降は自動でスキンが適用される
Plugins\SkinTexMod\Autoloadの下にキャラ毎の設定ファイルが出来る
スタジオでキャラロードすると設定が生きてるのが確認できるよ
自分が把握してる例外はキャラメイク画面と
ゲーム本編で衣装セット切り替えたとき
特にキャラメイク画面は呼び出したときも適用されないし
肌のテクスチャが変更されるような操作をするとそのたびにリセットされる
どっちにしてもAutoloadの設定自体は保持されるし用途的にも仕様な気がする