そこへドクトルに操られたステラが現れ、ラディウスの身体を持ち去ってしまった。
ドクトル（の意識）はラディウスの肉体を乗っ取り、サクシードに襲いかかった。（※ノーマルエンドの分岐）
しかしシータが必死に呼びかけたおかげで、ラディウスは自我を取り戻した。
ドクトルはラディウスを離れてウロボロスに憑依した。
サクシードはフィリアを連れて逃げ去った。
一行はエレンとステラを救出し、竜秘玉ユニットを奪還し、ドクトルを討伐した。
ラディウスとシータは火山の噴火に巻き込まれるが、シータの能力により生き延びた。（公的には「行方不明」。）
エピローグ。マリーシア市は再建不可能と判断され、放棄された。
フィリア、ジルヴェットそしてルーチェは現場に復帰した。
エレンは捕囚時に肉体を改造されたことを隠して、ステラと暮らしていた。
ステラは昏睡し続けていたが、（おそらくラディウスとシータの力によって）快復した。
ラディウスとシータは皆の様子を一通り見届けた後、何処かに旅立った。
※ノーマルエンド：
シータはドクトルに降伏し、ラディウスの身代わりとして連れ去られた。
ラディウスたちはシータを探して諸国を巡った。
あらすじは以上です。
ロウルート、およびカオスルートのノーマルエンドでは、ヒロインごとの好感度に応じてエピローグが少し変わります。
今回は省略しましたが要望があれば説明します。
ちなみにこの作品は同ブランド過去作「遠望のフェルシス Horizon of the earth and sky」の
8年後の世界を舞台としています。（フェルシスの主人公が端役で登場します。）