何らかのマクロをゲーム起動時（各シーン開始時）に実行したいという意味なら、出来ますよ
golconfig.xmlの↓この辺
<AutoRunMacros>
<string>CameraCtrlOff</string>
<string>False</string>
※マクロ名の次の"False"はシーン開始時に1回だけ実行の設定（継続実行をしない設定）
自動保存というのはマクロを手動実行しなくても、なんらかのタイミングでファイル出力をするって事ですか？
C#のソースファイル（拡張子cs）を書けばそういうマクロも作れますよ
GameObjectListのReadme【 その他情報 】の項目が参考になるでしょうか
Unityのコンポーネント指向について少し理解が必要です
でもそこまでやるならIPAプラグインとして書くのも変わらないので
GameObjectListを必要としないIPAプラグインとして開発・配布の検討をお薦めします