デフォMAPを非表示にしても、建物とか家具のオブジェクトが非表示になるだけで、デフォMAP内蔵ライトは2つとも残って機能してますよね
片方はキャラのレイヤのみ、もう片方は全レイヤを照らすCullingMaskになってるので、
後者はImporterで読み込んだオブジェクトにも当たってるんです
ライトの強さスライダー動かすとちょっとだけ明るさが変わるはずです
で、Standardシェーダーを使ったマップのアセットバンドルで実験しました
GameObjectlistマクロでロードしたものは適度な明るさになり、Importerでロードすると暗くなりました
Importerで読んだものは>>568さんおっしゃる通りシェーダーがLegacyに変えられてたので、スクリプトでStandardシェーダーに戻したら明るくなりました
暗くなるのはImporterがシェーダーをLegacyに変えちゃうのが原因っぽいです