画像見れてないけどSB3UGUIリリーススレで問題がポストされてて
FBXエクスポートする段階で発生していて同じメッシュをエクスポート→インポートしただけで頂点位置がずれるというのがある
SB3UGUIの開発者は認識しているけど曰く「FBXSDKのバグな気がするから調査は延期、別のを優先」だそうだ
これに起因してるか判断できないがそうであれば
FBX2006（問題が出たのと違うバージョン）とかでインポートしても同じ感じになるなら現状SB3UGUIの修正を待つしかないかも
モデラー側が対応している別フォーマットで試すとかもありかと思うが