>>285の書き込みを見て、自分も試してみた
結果から先に書くと、特に問題なかった(気がする、俺の知らないところで出てる可能性はあるけど)

俺の環境は、今日のパッチは適用済み、BeppinEx v3.2+BeppinPlugin_r4で、ExtensibleSaveFormat.dllだけはr3のを使用

でゲーム起動して改めてセーブして、そのセーブデータをセーブデータエディタv6で読み込んで保存
それをゲーム本編で読み込んでみたけど、慣れや淫乱の娘はそのままだったし、エッチした後の円グラフは全部100%を示してたよ
女の子好きはまだ入れてない

各部位の経験値ってのはこのことを言ってるんだよね?
ただ、中途半端(0<a<100)な数値の娘が今いないからそれはわからない