BepInEx.Patcher.exeがやってること

@Koikatu_Data\Managed\UnityEngine.dllを書き換え
AKoikatu_Data\ManagedフォルダにBepInEx.dllと0Harmony.dllを生成

※CharaStudio_Dataなど〇〇_Dataという同様のフォルダがあれば全てに行う
(Koikatu.exeなどの実行ファイルは書き換えない)

>>562のエラーはAが上手く行ってない時に出るものだと思います
(参照してるdllが見つからなかったり、バージョンが合わない場合のエラー)

IPAも同じような形だけどBepInExより書き換えるファイル数が多めになってます
BepInExもIPAも適用前に〇〇_Dataというフォルダを全部バックアップしておくのが無難です