UPP環境なら①、②をメモリ上でやるのでバックアップは不要になりますが、
BepInEx環境からUPP環境に移行する場合には、Koikatu_Data\ManagedフォルダのBepInEx.dllと
0Harmony.dllを削除しておかないとバージョンのミスマッチで>>562のエラーが出ることがあります
>>571の問題はこれな気がします
BepInEx.Patcher.exe実行してもManagedフォルダの中身が更新されるので治ると思いますが
>>577のファイルはパッチされた状態になるので、UPPのSybaris.BepInEx.Patcher.dllは
２重パッチを防ぐために取り除いた方が良いです