詳細なエラー状況とログをありがとうございます
もしかしてUnityのバージョンは2018ですか？
こちらで試してみたところUnity2018のmcs.exeだと動作しないのは確認できました
あと情報としては
自分のPCにインストールされてる5.6系（Unity5.6.1f1）のmcs.exe/mono.exeではちゃんと動作してますね
Unity2017だとフォルダ指定での自動設定だとmono.exeの方が自動設定されるパスがまずいみたいで
\Editor\Data\Mono\bin\mono.exeじゃなくて
\Editor\Data\MonoBleedingEdge\bin\mono.exeに設定してもらうと内部コンパイル可能でした
※(Unity2017)mcs.exeを単体設定での外部コンパイルもOKでした
基本コイカツのMODをやるのであればコイカツが作られてるUnityのバージョンに合わせた物をインストールするのが良いかと思います
もしもUnity5.6系で>>10の状況であれば、申し訳ないですがちょっと原因は分からないですね
あまりmcs.exeでどうしてもやらなきゃいけない状況は少ないように思います
逆にmcs.exeでコンパイル通るように作っててcsc.exeでコンパイル通らない状況には良く合います