簡単に説明するとUPPとBepInExの開発者に交流があって合体して出来たのがv4.0です
BepInEx 3.x以前からの移行方法（翻訳＋補足）
・UnityEngine.dll, 0Harmony.dll、BepInEx.dllをManagedフォルダから削除
（※Koikatu_Data、CharaStudio_Dataなど全ての〇〇_Dataフォルダの中のManagedフォルダで行うこと）
・上記のフォルダにあるUnityEngine.dllを削除して、UnityEngine.dll.bakをUnityEngine.dll にリネームする
（※BepInExがパッチを当てた時に作っていたバックアップに戻す）
・BepInEx 4を普通にインストール
UPPからの移行はこんな感じです
・winhttp.dll、upp_config.ini、UnityPrePatcherフォルダを削除してからBepInEx 4をインストール
・UPPのpatchesにあたるのがBepInEx\patchersになりますが、UPP用のプラグインは
そのままでは使えないようなので注意が必要です
今後はBepInEx\patchers用のプラグインが出てくるかもしれないですが、
今のところはこれからBepInExインストールする人やパッチ当てるのに抵抗ある人向けかも