自分もBepInEx v4.0でIPA動かなかったけど、wikiに書いてたこれでいけた
 :\illusion\Koikatu\Koikatu_Data\Managed
 :\illusion\Koikatu\CharaStudio_Data\Managed
UnityEngine.dll、0Harmony.dll、BepInEx.dllをl削除

 :\illusion\Koikatu\Koikatu_Data\Managed
 :\illusion\Koikatu\CharaStudio_Data\Managed
UnityEngine.dll.bakの拡張子.bakの部分を消してUnityEngine.dllに変更

 :\illusion\Koikatu
BepInEx.Patcher.exe削除
BepInEx.v4.0.zip解凍 :\illusion\Koikatuに入れる

 :\illusion\Koikatu\BepInEx
IPALoader.dllを置く
IPAフォルダ作る
 :\illusion\Koikatu\BepInEx\IPA
使いたいプラグインを入れる