パッチワークはデフォだとUPP関連読み込まないから
IPAプラグインはIPALoader使ってBepInEx\IPAの方にも両方入れとけば大丈夫
そうすると通常はUPPの方のIPA読み込むけどパッチワークではbepin内IPA読み込む
ModLoaderの上書き系はKoikatu\patchwork\mod内に入れる
その際MOD名（例えばKoikatu Character_Texture_Pack）\abdataってなってるだろけど
abdata内にあるcharaやlistなどをMOD名直下に移動しとけばおｋ