活発のデータ入れて上書きしてその後またパーティーのデータで上書きしてやれば
更新の必要なデータ類は最新に上書きされるので問題ないはず。
MODは衣装系とかは大丈夫だけど機能追加系とかのMODはたぶん再インストになると思う。
まあ手元に元のMODがあるならいくらでも再構築は可能なんだよねめんどくさいだけで。