バイナリエディタで見ると目と眉の設定がforegroundEyesやforegroundEyebrowで書かれてるので
それを探してその次の1バイトを00（コンフィグ依存）、01(手前には表示しない)、02(手前に表示する)に書き換える
という処理を全部のキャラカードに対してループ処理するってのを作ればいいかと
GREPソフトやバイナリエディタとかでも置換処理できるタイプのであれば
目：66 6F 72 65 67 72 6F 75 6E 64 45 79 65 73 ＋ 0*（＊は目的の設定値）
眉：66 6F 72 65 67 72 6F 75 6E 64 45 79 65 62 72 6F 77 ＋ 0*（＊は目的の設定値）
の様に探して書き換えればいいかなと