自分用に書いたメモだけどこんな感じ、割と泥臭いからもっと楽する方法があるのかもしれないが
SB3UGS_v1.17.2でKoikatu\abdata\sound\data\pcm\c29\h\00_00.unity3dを読み込む(c29を変えると別の性格の子のを変えれる)
入れ替え元のファイルと同名の入れたいファイルを用意する
そのファイルが16bit音源でない場合は16bitに変換する(変換はフリーソフトでできる)
SB3UGS内でAssetsのReplace Filesから、入れ替え先のファイルを指定する（フォルダにまとめて全選択すると楽、同名のものと入れ替わるから入れ替え元の指定はいらない）
SB3UGS内で適当なボイスをクリック（これしないと、保存が何故か反映されない）
Ctrl+sで保存