そこまで色々やってるなら、もうやってるかもしれないけど、
BetterSceneLoader関係のファイルを
もう一回ダウンロードし直して、上書きインストールしてみるぐらいしか思いつかないなぁ。
あと、もし可能なら、バニラ状態のハニセレを用意して、
BetterSceneLoaderだけ入れてみてどうか。とか。
参考までに、ウチの環境。これで（多分）問題なく動いてる。
バージョンはちょっとすぐ出ないので、タイムスタンプで。（最近更新してない。）
BetterSceneLoader.dll 2018/5/20 1:46
HSExtSave.dll 2018/12/29 14:04
ModMenuManager.dll 2018/2/27 0:04
Kisama.dll 2018/1/23 1:23
他にも入れてるけど、
MenuMod.dll
ModSettingsMenu.dll はウチは入ってないな。