KManagerの新バージョンはdll系のmodもアップデートしてしまうから
そういうのは外してzipmodだけアップデートしないとダメだと思う

特にHF2.9環境だとbepinex4とdll modが不一致なのあるんじゃない？
多分、bepinexのエラーlogに山盛りエラー吐いてて起動が遅いんじゃ？