2.9→3.0のアプデの懸念材料はBepInExが4から5に変わることで各DLLが互換性を失うことにあったので
両方ともBepInEx5のHF3.0.2→HF3.1ってやっても問題はない
というかHFPatchは「最新バージョンのMODPack」ではなく「最新の”安定バージョン”のMODPack」なので
コイカツ本編のバージョンが上がるとか、BepInExのバージョンが上がるとかでないかぎり
「古いほうが安定版」ということはまずない
寧ろ3.0.2に入ってるKKManagerは鯖に繋がらないしとPushupは乳首固定問題が解決されてないバージョンなので3.1のほうがいいと思うが
主要なMODについてはHF3.1収録版よりも後のがもう出ていたりするので3.0.2に個別で対応してもあんまり変わらないんじゃないか？という気はする
バージョンアップするなら当然環境はバックアップしてからやってるだろうけど
initsetting.exeをバックアップするのを忘れないように