まず第一にBepが使えないのはアンインストールしちゃったからではない、多分ファイル配置かおかしいか必要ファイルが足りてない。
第二に、だとしても、アフタースクールはアンインストールした状態でバックアップしかない状態だとインスコできないのでどうにもならない。BepinEXも多分、アフタースクール入れてないとおかしな動作する

買いなおすが吉。たかだか数千円

追加アプデってアフタースクールとか公式のアップデータの事であってるよな？