CacheGagEyesTexture=Trueで動作するのは確認済みだけど1年まえから久しぶりに起動した環境が古いだけかもしれない。
readme.txtにあるとおりBepInExは4.1で、CharaStudioは公式から落とせる無印最新の 2019/02/01 版 (Assembly-CSharp.dll の更新日付が 2018年11月20日 ) のもの。
キャッシュのロジックのために Chara#ChangeEyesPtn をまるっと差し替えているのでもし Assembly-CSharp がそれより新しいものだったら動作しない可能性はある。
CacheGagEyesTexture=Falseにすればその差し替えが行われなくなるので動くけれど、ギャグ目に切り替わるときとそこから戻るときにカクつくことになる。
持ってないからわからないが After School で更新がある？
もしそれが原因なら誰かが AS 版の Assembly-CSharp 内のロジックと KKVMDPlayPlugin.EyeTextureCacheHook と KKVMDPlayPlugin.EyeTextureCache のロジックをみてAS版物を作れば解決するかもしれない。