Timelineで制御できるIKとは、つまるとこKKPEで制御できるIKなので、
VMDPlayerで動かしているものをすべて制御はできないことに注意が必要。
例えば、Spine2（MMDでいうとこの上半身２）とかは、VMDでモーションが入っているが、
KKPEのIK側からは見えないため、Timelineでも制御できない。
つまり、IKをすべてONにしても、VMDで一部が動き続けてしまうってこと。
上の動画では、これを抑え込むため、わざわざNodeConstrainで、Spine2の回転を制御するダミーオブジェクトをつけ、ON/OFFと回転をTimelineで制御してる。
こういうテクニックなどを理解して制作する必要があり、正直、VMDにIKモーション上書きはお勧めすべきではないと思っている。