BepInEx入れなおすだけで、クリーンインストールはもったいないよ。

テストでBepInEx_x64_5.4.8.0を入れてみた
最初にBepInExフォルダ内のキャッシュ、コンフィグ、コアフォルダを消して、上書きインストール。
本編を起動しないと書き出されないコンフィグがあるのか、最初スタジオから起動した時は挙動がおかしかった。
(まつげが黒く表示されたり、髪型が正常に読み込まれなかったり、体型が狂ったり)
本編起動してみたら正常になった。問題なし
再インストール後にするのは、ロギングUI出したままにするのと、削除の確認を出さない設定ぐらいだから、面倒じゃない。

いったんBepInExフォルダを丸ごとコピーしておいてからどうぞ。
うちの環境はBepInExフォルダだけで16Gあった・・