横からでスマンけど「再インスコしたところに張り直し」の際に
GameルートにあったBepInEx絡みのファイルもバックアップから移送させてる？

「MODが働かなくて…」のくだりでBepIn自体が動いてないんじゃ？とふと思った
mod系フォルダだけじゃなくBepIn効かせるためのファイル(dllとか)も移送させないと