原因の究明を進める前にこれが既知の問題なのかお尋ねしたく。
いまだ本編を楽しんでいますが出席表で２つのトラブルに出くわしました。
・何人かのスキン（体のオーバーレイ）が入れ替わっていた
・何人かの人物紹介が入れ替わっていた

出席表画面でとった関係しそうな行動
・これまで「全て空席にする」や転入を何度も行ってきたセーブデータ
・一人のステータスをCheat Toolsで変えた
・一人のキャラ情報（声の高さ）をKK_Fix_MainParamで変えた

以上についていかがでしょうか。