kplugはゲーム本体のデータ上書きで改造してるHardMODだから
ゲーム本体はいじらないのが前提のHFパッチと共用すれば必ずどこかおかしくなる

どこがおかしくなるか原因突き止めたりおかしくなるところを切り捨てたりするスキルが無いなら諦めてどちらかにしたほうがいい。
けどどうなるか試してみるのは何事も体験してみたらいいよ