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VNGEのメニューScene Utilsをクリック→「>>」をクリックし次のページへ→「VNactorSetting」を選択
上から５番目の「exportchara_clothescood」にチェックを入れる

これで、シーンごとに自由に服を着替えさせて保存できるようになる

※ただし、おれの環境ではなぜかうまくいかず、エラー頻発、シーン自体がグチャグチャになる問題に悩んでいるので、
自分の環境で動作するか、まずはテスト用のシーンを作ってチェックしてみてください